Terapia homeopatyczna polega na wyborze leku lub leków, łączących w sobie z jednej strony dane z zakresu patogenezy objawów manifestujących się u osoby zdrowej poddanej działaniu substancji farmakologicznie czynnej, a z drugiej strony opartych na objawach klinicznych chorego pacjenta, w ujęciu całościowym. W związku z tym lekarz prowadzący terapię homeopatyczną dobiera lek, który działa zgodnie z naturalnym kierunkiem reakcji organizmu pacjenta, wzmacnia te reakcje i kieruje nimi. W odróżnieniu od tradycyjnego podejścia, gdzie większość terapii działa przeciwstawnie do naturalnego kierunku reakcji organizmu, hamując je lub blokując, w efekcie wymuszając pożądany kierunek reakcji.
W klasycznym podejściu alopatycznym staramy się określić, zwalczyć lub przynajmniej zneutralizować tzw. czynnik etiologiczny (może to być np. wirus, bakteria czy grzyb) naszym zdaniem odpowiedzialny za wywołanie danej jednostki chorobowej i leżący u jej podstaw. W terapii homeopatycznej robimy wszystko, aby wzmocnić naturalne siły obronne i samoregulacyjne chorego organizmu tak, aby mógł on sam pokonać wszystkie stany i zagrożenia związane z ostro lub przewlekle przebiegającą chorobą.
Zindywidualizowane podejście w terapii homeopatycznej polega na określaniu złożonych zależności między całościowo ujmowanymi zespołami cech i reakcji danego organizmu, a tymi, jakie wywołuje substancja, z której powstaje lek homeopatyczny w zdrowym organizmie.
Skutecznym lekiem w danym schorzeniu może stać się substancja naturalnego pochodzenia (podana w odpowiedniej dawce i odpowiednio przygotowana), która w zdrowym organizmie wywołuje podobne do tego schorzenia objawy.
Dla Hahnemanna, twórcy tej metody terapeutycznej, właśnie to podobieństwo środków wywołujących określone objawy kliniczne u zdrowego człowieka oraz środków leczących w przypadku występowania określonych objawów w przebiegu choroby, było najważniejszym odkryciem. Stąd też dwaj pacjenci, chorujący na tę samą wydawałoby się chorobę, ale w trakcie jej trwania zachowujący się odmiennie i manifestujący inne reakcje organizmu, otrzymują często różne leki homeopatyczne. W związku z tym terapia homeopatyczna polega na leczeniu indywidualnego podłoża chorobowego, a lek homeopatyczny jest SPECYFICZNYM REGULATOREM ORGANIZMU, w przeciwieństwie do leczenia klasycznego, które jest terapią wymuszającą lub zastępującą naturalne reakcje organizmu.